On retrouve Joe Musashi, toujours armé d’un katana et de shurikens. Cette fois, son sensei a été attaqué et blessé par le clan Neo Zeed, qui en a également profité pour enlever sa fiancée Naoko. Il n’en faut pas plus pour catapulter Joe au travers de 8 niveaux aux environnements variés et regorgeant de pièges de toutes sortes.
Votre ninja dispose de plusieurs attaques basiques : lancé de shurikens à distance, coups de katana ou coup de pied à proximité, et une protection contre les armes de jet en s’aidant du katana. Une panoplie de coups restreinte mais efficace. A côté de ça, le ninjutsu vous permet d’améliorer votre habileté au combat. Néanmoins, cette technique est limitée à une utilisation par niveau, à moins de trouver du rab caché dans les caisses dispersées un peu partout dans les niveaux.
